マチェーテ（ダニー・トレホ）は、どこにでもいそうな日雇い労働者風の出で立ち、凶悪殺人犯と言われても誰も疑わない形相だが、実は、伝説的なナイフの使い手の辣腕メキシコ連邦捜査官である。その正義感の強さがゆえに、3年前、メキシコの麻薬王トーレス（スティーヴン・セガール）に妻子を惨殺された過去があった。マチェーテはトーレスに恐喝され、極右で不法移民嫌いの上院議員マクラフリン（ロバート・デ・ニーロ）の暗殺を依頼される。しかし、それはトーレスとマクラフリンが仕組んだ罠だった。暗殺犯として追われる身となったマチェーテは、彼らの陰謀を暴くために復讐を誓う。彼の前には、次々と殺し屋を雇う非情なビジネスマンのブース（ジェフ・フェイヒー）、国境自警団を率いるひねくれ者、ヴォン（ドン・ジョンソン）、法律と正義の間で葛藤する美しい移民局職員サルタナ（ジェシカ・アルバ）が立ちはだかる。一方マチェーテには、反逆と革命の精神を心に宿したセクシーなトラック運転手ルース（ミシェル・ロドリゲス）と、銃の扱いに長けている尼僧姿のマフィア娘（リンジー・ローハン）が加勢する。マチェーテは激しい銃撃、流血、傷心を経て、復讐と贖罪の壮大な戦いが待つトーレスの町へ辿りつく。