マルドゥック市で暮らすルーン・バロット（声：林原めぐみ）は、“ティーン・ハロット”と呼ばれる未成年娼婦。辛い過去を送ってきたバロットは、自分の心の殻に閉じこもる術を身につけ、いつしかその殻に閉じこもって日常をやり過ごすようになっていた。ある日、行き場を失くしていた彼女は、野心家のカジノ経営者シェル（声：中井和哉）に拾われる。シェルは人格を書き換えて、バロットに偽りの生、偽りの過去、そして偽りの今、全てを与える。シェルに感謝したバロットは、彼が何故自分に全てを与えたのかを知ろうと、経歴をコンピュータで照会する。だが、彼女の行動を知ったシェルは、バロットの乗った車を爆破。死の淵を彷徨う間、バロットは意識の奥深くで自問する。“生きたいのか、死にたいのか”。辛うじて一命を取り留めるバロット。彼女を救ったのは、シェルの裏の顔を追っていたマルドゥック市の事件担当官、ドクター（声：東地宏樹）とウフコック（声：八嶋智人）だった。救命措置として、全身の皮膚を強化繊維で再構成させる科学技術が利用されていたが、それは人命保護を目的に定められた緊急法令“マルドゥック・スクランブル‐09”で禁止されているものだった。ドクターとウフコックは、意識を取り戻したバロットに選択を迫る。禁じられたテクノロジーを使用した特別な力を、生きるために受け入れるか否か？“何故、殺されたのか”、“何故、自分なのか”相次ぐ疑問の中、バロットは決断する……。