今際の際のビスト財団当主、カーディアス（声：菅生隆之）から、「ラプラスの箱」の「鍵」となるモビルスーツ《ユニコーン》を託された少年バナージ・リンクス（内山昴輝）は、「袖付き」のマリーダ中尉（甲斐田裕子）が駆る《クシャトリヤ》と交戦後、ロンド・ベルの強襲揚陸艦《ネェル・アーガマ》に拿獲されてしまう。その艦には、バナージの友人のタクヤ・イレイ（下野紘）、ミコット・バーチ（戸松遥）と共に、「箱」の譲渡を阻止しようとしてカーディアスと接触した少女オードリー・バーン（藤村歩）も収容されていた。そんな中、《ネェル・アーガマ》に対し、単機で挑みかかるモビルスーツが出現。「シナンジュ」と呼ばれる真紅の機体を駆る人物こそ、「シャアの再来」の二つ名を持つ「袖付き」の首魁、フル・フロンタル（池田秀一）であった……。