24世紀初頭。ユニオン、AEU、人類革新連盟の三勢力が争いを繰り広げていた世界に、突如として私設武装組織“ソレスタルビーイング”が現れる。“ガンダムマイスター”と呼ばれるパイロットたちによって操縦されるモビルスーツ“ガンダム”を擁する彼らは、戦争根絶を旗印に掲げ、各地で発生する紛争への武力介入を開始。一時は組織壊滅の危機に瀕しながらも、自らを“人類共通の敵”と位置づけることにより、争いの絶えなかった世界を変えてゆく。やがて、勢力の枠組みを越えた地球連邦政府が樹立。だが、独立治安維持部隊“アロウズ”の専横が、再び戦争を引き起こす。その戦いの最中、ソレスタルビーイングのガンダムマイスター刹那・F・セイエイ（声：宮野真守）は人類の水先案内人たる革新者＝“イノベイター”へと進化、その能力によって戦場の人々の心を繋ぐことに成功。その革新的な体験を経て、遂に人類は武力に頼らない社会を選択するに至った……。そして2年後の西暦2314年。130年前に廃船となった木星探査船が地球圏に接近してくる。生体反応の無いその船は、人類の存亡をかけた戦いの始まりを告げる船だった。再び訪れる世界の危機。そして現れるもう一人のイノベイター、デカルト・シャーマン（声：勝地涼）。刹那は、自らの進化の本当の意味と直面する。果たして、創始者イオリア・シュヘンベルグによって立案され、ソレスタルビーイングが進めてきた“イオリア計画”の最終段階とは……？“来るべき対話”とは一体何なのか……？ガンダムマイスターたちの最後の戦いが始まる！