里の長である五代目火影の綱手から抜け忍ムカデ追跡の任務を受けた、木の葉隠れ里の忍者ナルト（声：竹内順子）。仲間の忍者サクラ（声：中村千絵）、ヤマト（声：小山力也）とともに廃墟“楼蘭”に辿り着く。ムカデの狙いは廃墟地下深くに眠る龍脈。後を追って廃墟の奥深く向かったナルトだったが、ムカデが解放した龍脈のエネルギーに飲み込まれて意識を失ってしまう。目覚めたナルトの目の前に広がっていたのは見たこともない光景だった。天空にまで聳える幾つもの塔に囲まれた街。何が起きたのかわからないまま、再びムカデを探し始めたナルトは、街の王女サーラと出会う。そこは栄華の絶頂にある“楼蘭”の街だった。民に愛される若き女王サーラの統治によって、平和を謳歌する楼蘭。だがその一方で、謎の大臣アンロクザンが恐ろしい兵器を作っているという黒い噂も広がっていた。実は大臣アンロクザンの正体こそ、一足先にこの街に辿り着いたムカデ。素性を隠して力を蓄え、この時代で再び龍脈のエネルギーを狙っていたのだ。その恐るべき陰謀を知った三代目火影、猿飛ヒルゼンは、四代目火影のミナト（声：森川智之）とともに、チョウザ（声：福田信昭）、シビ（声：浜田賢二）、カカシ（声：井上和彦）の4人に指令を下す。千の塔を飛び交う忍たち。ムカデ操る傀儡軍団との死闘。ナルト、サーラ、そしてミナトたちの目にも止まらぬハイスピードバトルが始まる……。