水と緑、古い町並みと近代的な建物が美しく調和するクラウンシティ。ここでは、ポケモンと人間が仲良く調和して暮らしていた。この地で開催される“ポケモンバッカー・ワールドカップ”観戦に向かっていたサトシ（声：松本梨香）とピカチュウ（声：大谷育江）一行。その旅の途中、仲間を探しているというポケモンのゾロアに出会い、行動をともにすることになる。だがその頃、クラウンシティではゾロアークというポケモンが伝説のポケモンと呼ばれるライコウ、エンテイ、スイクンの3体に化けて街を破壊し始めていた。パニックに陥るクラウンシティ。そして、20年ぶりにこの街に戻ったポケモンのセレビィにも危機が迫る。たくさんの昆虫型ポケモン、テッカニンに追われるセレビィ。それを巨大な飛行艇から謎の男コーダイ（声：陣内孝則）が見つめていた。大企業コーダイネットワークの社長コーダイには、ある野望があったのだ。さらに、コーダイの秘密を追うクラウンシティの新聞記者クルト。一体、クラウンシティでは何が起こっているのか？幻影の覇者ゾロアークとは一体何者なのか？そしてセレビィの運命は？果たして、サトシとピカチュウはこの街とポケモンたちの危機を救うことが出来るのか……？