史上空前の繁栄を極めていた古代ペルシャ。そのスラムの少年ダスタンは、トラブルに巻き込まれた友人を助けるため大勢の兵士に立ち向かっていた。その勇気ある大胆な行動を見ていたペルシャの王は、彼を養子として迎える。15年後、勇者に成長した第3王子ダスタン（ジェイク・ギレンホール）は、兄や叔父ニザム（ベン・キングズレー）と共に、聖なる都アラムートの征服に成功する。アラムートの娘で、神に仕えるタミーナ（ジェマ・アータートン）は自ら命を絶とうとする。しかし、ダスタンが戦利品として短剣を手に入れたことを知ると降伏し、捕虜の身に甘んじる。勝利を祝う宴の席で、ダスタンは父王にアラムートの法衣を送る。王がアラムートの姫タミーナをダスタンの妻とするよう命じると、法衣に塗られた毒によって絶命する。ダスタンの2人の兄は、彼を暗殺者として捕らえようとする。しかし、タミーナがダスタンを王宮から逃がす。タミーナの目的は、ダスタンの短剣に納められた“時間の砂”だった。時間の砂を使うと、時を戻し、過去を変え、世界を支配する強大な力を得ることができる。ペルシャ帝国軍と、謎の暗殺者集団ハッサンシンから追われながら、ダスタンとタミーナは時間の砂を求めて旅立つ。