良太郎（溝口琢矢）たちがモモタロス（声：関俊彦）の鼻を頼りに謎のイマジンを追いかけていると、海東大樹（戸谷公人）と出会う。仮面ライダーディエンドに変身する大樹の目的は、様々な仮面ライダーの世界を旅して宝探しをすること。だが、現れた大樹はイマジンに憑依されており、良太郎たちから電王のパスと時を越える列車デンライナーを盗んでゆく。イマジンとは、時を越えて現代にやってきた未来人。自分たちの思うままに過去を変えようと悪巧みを繰り返しており、良太郎たちは仮面ライダー電王として、そんなイマジンたちと戦っていたのだ。しかし、パスとデンライナーを奪われては、イマジンと戦う事はできない。途方に暮れる良太郎たち。そのとき彼らの前に、時間の運行を妨げる者を取り締まる時間警察の黒崎レイジ（古川雄大）が姿を現す。仮面ライダーG電王に変身するレイジと大樹の間には、過去に大樹が黒崎家から何かを盗んでいったという因縁があった……。