中学2年生の花咲つぼみ（水樹奈々）と来海えりか（水沢史絵）は、世界征服を企む砂漠の使徒と戦う伝説の戦士プリキュア。ある朝2人が目覚めると、パートナーである妖精のシプレ（川田妙子）とコフレ（くまいもとこ）の姿が見当たらない。2人がプリキュアに変身するためには、妖精たちの力がなくてはならない。机の上に残された謎の招待券を手がかりに、二人は海の上に浮かぶ遊園地フェアリーパークへ向かう。そこは、シプレたちのようなかわいい妖精やアトラクションで一杯の楽しい場所。だが突然、怪しげな影が現れてパーク内が大混乱に陥る。だが、変身できないつぼみとえりかにはどうすることも出来ない。その時、かつて平和のために戦っていたプリキュアたちが続々登場。その数、全部で17人。すべてのプリキュアたちが力を合わせて、テーマパークの秘宝“レインボージュエル”を守るため、謎の敵と戦う！