西暦2707年。世界は西欧・アメリカの“キャピトル”、東欧の“バウハウス”、アジアの“ミシマ”、オセアニアの“インペリアル”という4つの巨大企業体によって支配され、地球に残された数少ない天然資源を巡り、各地で壮絶な戦いを繰り広げていた。キャピトル軍のミッチ・ハンター（トーマス・ジェーン）らは、装備と兵力で優勢に立つバウハウス軍と国境地帯で交戦、両軍が放つメガトン級の砲撃の衝撃は大地を揺るがし、地面が裂けて巨大な穴を出現させる。そこから現れたのは、鋭い剣のような殺戮ハンドを持ったミュータントであった。銃弾を跳ね除け、兵士たちを次々と切りつけていく無数のミュータントたち。国境地帯の惨劇からわずか数日で地球はミュータントの恐怖に覆い包まれる。4社の軍が連合しても全く歯が立たず、人類は火星への移住を始めるが、火星行きの船券をめぐり新たなパニックが各地で起こっていた。ミュータントの出現を預言していた修道僧サミュエル（ロン・パールマン）は、ミュータントを倒す少数精鋭チームを結成するため、企業体のトップ、コンスタンティン（ジョン・マルコヴィッチ）に各社の協力を要請する。ミュータントと人類の戦いを記した年代記（クロニクル）によると、遥か古代に宇宙から地上に降り立った“マシーン”が人間たちを捕捉して次々と凶暴なミュータントに生まれ変わらせていった。だが、ナビタンなる勇者が現れて彼がマシーンとミュータントたちを地中深くに封印。しかしその封印はいずれ解かれ、再びマシーンとミュータントが地球を地獄に変えるが、その時代にも勇者が現れて人類を救うこともあり得る、と記されていた。コンスタンティンはサミュエルに協力を約束。ミッチを含む4社から集められた精鋭たちは、年代記に記されたマシーンが存在するという地底の古代遺跡へ向けて出発する……。