宇宙有翼獣・ゲランダとの戦いに大敗を喫したウルトラマンダイナことアスカは、スーパーGUTSの隊員たちと、ゲランダを一撃の下に倒した電脳巨艦プロメテウス号の開発を行っていたTPC科学研究所に招かれ、クリオモス島を訪れた。そこで彼らは、プロメテウスの開発主任であるキサラギ博士から、究極の最終兵器プロメテウスのメインコンピューターにGUTSの隊員の経験値をインプットしたいと頼まれ、その作業にアスカが志願することになる。ところが、それは宇宙植物獣人・モネラ星人の罠だったのだ。アスカ＝ウルトラマンダイナの戦闘パターンを把握したモネラ星人は、プロメテウスを電脳魔人・ディフェイサーに変えダイナに打撃を与えると、地球破壊を予告した。GUTSの隊員は、人類滅亡の危機を目前に攻撃準備に入るが、アスカは続く敗北に戦う勇気を失ってしまう。そんな時、彼はかつて地球を怪獣たちから守ったウルトラマンティガのことを知る。そして旧GUTSの隊長・イルマからティガのあきらめない心を学ぶと、ダイナに変身。デスフェイサーとモネラ星人に戦いを挑んでいく。壮絶な戦いの末、デスフェイサーを倒したダイナであったが、全モネラ星人が合体したクィーンモネラには苦戦を強いられてしまう。もはやこれまでかと思われた時、人々の心がティガを蘇らせた。ティガはダイナにエネルギーを与えると、力を合わせてクイーンモネラを撃破。地球の平和を取り戻すことに成功するのであった。