ネオ童実野シティを“デュエル”と呼ばれるカードバトルで守っている不動遊星（宮下雄也）は、世界を破滅させるために未来から来た謎の男・パラドックス（田村淳）に自分のエースモンスター“スターダスト・ドラゴン”を奪われてしまう。タイムスリップした遊星は、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代（KENN）のもとにたどり着く。そこで事件の真相を知る遊星。さらにパラドックスを追い、伝説のデュエリスト・武藤遊戯（風間俊介）の時代にやってきた遊星と十代は遊戯と出会い、3人は力を合わせて戦うことを誓う。世界を救うために、そして遊星のスターダスト・ドラゴンを取り戻すために、遊戯、十代、遊星はパラドックスと壮絶なデュエルを繰り広げる！