街を焼き尽くす大災害が発生し、衛宮士郎（声：杉山紀彰）は全てを失う。士郎は、魔術師を名乗る人物に引き取られる。それから10年間、士郎は養父の想いを継いで、“正義の味方”になろうと魔術の鍛錬を重ねる。しかし魔術師の家系でないためその才能のない士郎は、1つしか魔術を身につけることができなかった。ある日士郎は、“聖杯戦争”という魔術師同士の戦いに巻き込まれてしまう。それは、手にした者の願いを叶えるという聖杯を巡る戦いだった。そして偶然、サーヴァントと呼ばれる使い魔の1人・セイバー（川澄綾子）と契約を交わす。こうして意にそぐわないままマスターとなった士郎だったが、10年前の大災害も聖杯戦争が原因であると知ると、あの惨劇を繰り返さないために戦いに、身を投じる覚悟を決める。