高町なのは（田村ゆかり）は、海鳴市に住み私立聖祥大付属小学校に通うごく普通の小学3年生。ある日フェレットの姿をした魔法使いの少年ユーノ・スクライア（水橋かおり）と出会い、自分に魔法の力があることを知る。各地に散らばる異世界の魔法遺産ジュエルシードを探すユーノを助けるために、魔導師の杖レイジングハートを手に立ち上がるなのは。だが、彼女の前に異世界から来た同年齢の魔法使いフェイト・テスタロッサ（水樹奈々）が立ち塞がる。心を閉ざし、異なる理由からジュエルシードを捜し求めるフェイトは、事あるごとになのはたちと対立する。だが、フェイトの寂しそうな目に感じるものを見たなのはは、戦いの最中、フェイトの魔法に圧倒されながらも彼女に自分の想いを伝えようとする。果たして、なのはの想いはフェイトに届くのか？そして、ジュエルシードの行方は……？