1944年、ナチス・ドイツ占領下のデンマーク・コペンハーゲン。打倒ナチスを掲げる地下組織ホルガ・ダンスケに属する23歳のベント・ファウアスコウ＝ヴィーズ、通称フラメン（トゥーレ・リンハーツ）と33歳のヨーン・ホーウン・スミズ、通称シトロン（マッツ・ミクルセン）の任務は、ナチスに協力する売国奴の暗殺だった。フラメンは堅固な反ファシズム主義者で、デンマーク自由評議会によって抵抗組織が統合され、ナチスに反撃する軍を立ち上げることを望んでいる。一方、繊細で家族思いのシトロンは、殺人に抵抗を感じていた。ある日、上司アクセル・ヴィンター（ピーター・ミュウギン）から、ドイツ軍情報機関の将校2人の暗殺を命じられる。フラメンは、有能なドイツ軍大佐ギルバート（ハンス・ジッヒラー）と対峙し、違和感を覚え任務遂行をためらう。そしてもう1人のサイボルト中佐の暗殺に向かうが、相打ちとなり重傷を負う。そのため、今まで直接人を殺したことがなかったシトロンが、ギルバート暗殺を決意する。ゲシュタポの報復が激化し、ホルガ・ダンスケのメンバーが次々と拘禁・処刑されるようになる。ヴィンターはフラメンの恋人で諜報員のケティ（スティーネ・スティーンゲーゼ）を密告者と断定し、暗殺を命じる。彼女はヴィンターの運び屋であるが、ゲシュタポのリーダーであるホフマン（クリスチャン・ベルケル）とも通じているというのだ。フラメンがケティを問い詰めると、彼女は思わぬ事実を打ち明ける。ヴィンターはナチや裏切り者の暗殺に紛れ込ませ、自分に都合の悪い人間の殺しを2人にさせていたのだという。無実の人を殺していたのかもしれないと苦悩する2人は、上層部からの命令を拒否するようになる。さらにフラメンは、ケティがホフマンといるところを目撃してしまう。危険な立場に追い詰められた2人は、デンマーク史上最大の大量虐殺の首謀者であるホフマンの暗殺を決意する。