ネバーランドにある妖精の谷“ピクシー・ホロウ”では、秋の到来を前に妖精たちが忙しく働いていた。もの作りの妖精として働くティンカー・ベル（声：メイ・ホイットマン）は、親友のテレンス（声：ジェシー・マッカートニー）と一緒に新しい船の試運転をしていたところ、ピクシー・ホロウを治めるクラリオン女王（声：アンジェリカ・ヒューストン）から呼び出される。女王とともにティンカー・ベルを待っていたのは、もの作り妖精たちのリーダーであるフェアリー・メアリー（声：ジェーン・ホロックス）と秋の大臣。ティンカー・ベルは女王から、秋を祝うお祭り“秋の祭典”に必要な“聖なる杖”を作るよう言い渡される。今年の祭典は8年に一度、青い満月が昇る日。この時、聖なる杖に納めた“月の石”を使うことで、妖精の粉の源となる“青い妖精の粉”が生まれるという。この上ない名誉に大喜びのティンカー・ベルは、早速テレンスとともに仕事に取り掛かる。妖精の粉の番人で、聖なる杖に詳しいテレンスだったが、次第に仕事に口を出し、彼女を苛立たせるようになる。そして聖なる杖の完成間際、2人の口論がきっかけとなり、聖なる杖と月の石を壊してしまう。何よりも大事な妖精の粉を生み出す月の石を壊し、事の重大さに呆然とするティンカー・ベル。困り果ててフェアリー・メアリーを訪ねるが、事実を告げることができない。そのうち、“インカンタの魔法の鏡”の芝居が始まってしまうが、その芝居の中で願いごとを叶えてくれる魔法の鏡が海賊船とともにどこかに眠っていることを知る。伝説の海賊船と魔法の鏡を見つけて、月の石を元に戻そうと決意するティンカー・ベル。新しい衣装に身を包み、妖精の粉をかけた気球で旅立つ。月の石を元に戻し、ピクシー・ホロウを救うためのティンカー・ベルのスリルと驚きに満ちた冒険の旅が始まる……。