18歳の誕生日、ベラ・スワン（クリステン・スチュワート）は絶望感に包まれていた。永遠に17歳であるヴァンパイアの恋人エドワード・カレン（ロバート・パティンソン）より年上となってしまったことがその理由だった。そんな折、誕生日パーティで事件が起こる。ベラの血の香りに本能を抑えられなくなったエドワードの家族が、彼女を殺しそうになったのだ。味方である自分の家族でさえも、ベラを傷つけてしまうというヴァンパイアの宿命を思い知ったエドワードは、家族ともども彼女の元を去る決意をする。しかし、運命の人に突然の別れを告げられたベラは深く傷つく。彼女を励まそうとベラに寄り添うのは、幼馴染みのジェイコブ・ブラック（テイラー・ロートナー）。そしてある日、ベラはエドワードたちに敵対するヴァンパイアに追い詰められ、殺されそうになる。そこに現れ、彼女を救ったのは巨大な狼たち。そして、ジェイコブの身体に異変が。彼はキラユーテ族という、ヴァンパイアと敵対する狼族の末裔だった。敵であるヴァンパイアの活動に刺激され、狼族としての遺伝子が覚醒されたのだ。一方、どうしてもエドワードを諦めきれないベラ。彼女は、自分の身が危険になると彼の幻影が見えることに気付き、自らを窮地に追い込むようになる。行き過ぎた行動の結果、溺死しかけるベラ。間一髪のところでジェイコブに命を救われるが、エドワードはベラが死んだと思い込んでしまう。最愛の人を失った悲しみに打ちひしがれるエドワード。自分も命を絶とうと、彼は3000年の歴史を持つヴァンパイアの最大勢力ヴォルトゥーリ族の住むイタリアへ乗り込む。そして、エドワードの真意を知ったベラは、彼を止めるために後を追う。しかし2人の再会は、人間とヴァンパイアの掟破りの恋を白日の下に晒すこととなる。それは、ヴォルトゥーリ族の逆鱗に触れるところとなり、より一層、2人を窮地に追い込んでいく……。