第二次世界大戦時より国家によって育成されてきた特殊能力者たちがいた。彼らはケネディ暗殺やベルリンの壁崩壊など、数々の歴史的事件に関与してきたとされている。そして現代。能力者たちは世界中に散らばり、身を隠しながら生活していた。ムーバー〈念動力〉の能力を持つニック・ガント（クリス・エヴァンス）もその一人だった。ある日、ニックのもとにウォッチャー〈未来予知力〉の能力を持つキャシー・ホームズ（ダコタ・ファニング）が現れ、キラ・ハドソン（カミーラ・ベル）という女性を探し出すのを手伝って欲しいと頼まれる。キラは、“ディビジョン”の名で知られる、世界中の能力者たちを監視する謎の政府機関から脱走したという。混乱したニックは断るが、すぐに“ディビジョン”のリーダー、ヘンリー・カーバー（ジャイモン・フンスー）が送り込んだ能力者たちから命を狙われる。ニックは自分に与えられた運命、そしてキラが鍵となる政府の恐ろしい陰謀にも気付き、キャシーと共に戦うことを決意する。だが、キャシーには、自分もニックも死んでしまうビジョンが見えていた。果たして彼らは自分たちの未来を変え、政府の陰謀を阻止することができるのか……。