人と魔物の大規模な戦い“人魔戦争”が終結してから数年。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核（コア）と呼ばれ、それは魔導器（ブラスティア）の動力源となり、暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。先の皇帝が崩御した後、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた……。シゾンタニアの町に程近い深い森の中。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル（声：鳥海浩輔）とフレン・シーフォ（宮野真守）、そして二人の先輩である双子姉妹騎士ヒスカ（小笠原亜里沙）とシャスティル（水沢史絵）は、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団に憧れて理想を胸に入団したユーリと、規律と正義を重んじるフレンは、帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。騎士団の隊長ナイレン（谷口節）は、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んでいた。そんな中、シゾンタニア一帯を巻き込む大規模な異変が発生する。騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。やがて、帝国の暗部を知った二人はそれぞれの“正義”を貫く覚悟を迫られることになるのだった……。