第二次大戦下のドイツ・ベルリン。8歳のブルーノ（エイサ・バターフィールド）は、ナチス将校である父親（デヴィッド・シューリス）の昇進により、住み慣れた我が家を離れ、殺風景な土地に越してくる。遊び相手もなく退屈していたブルーノは、ある日、有刺鉄線のフェンスで囲まれた奇妙な“農場”を発見する。そのフェンスの向こう側には、ブルーノと同じ年のシュムエル（ジャック・スキャンロン）がいた。日中でもなぜか縞模様のパジャマを着て、いつも腹を空かせているシュムエルのために、ブルーノは母親（ヴェラ・ファーミガ）の目を盗んで食べ物を運び、フェンスを挟んで言葉を交わしながら、二人はささやかな友情を築いていった。しかし、母親からはその“農場”に近づくことは禁じられており、シュムエルの存在は誰にも言えない秘密だった。そんなある日、シュムエルは自分がユダヤ人であるとブルーノに告げる。それが何を意味するのか、自分と何が違うのか疑問に思ったブルーノは、ユダヤ人について家庭教師に尋ねてみる。すると彼は「ユダヤ人は有害な存在」と諭し、ブルーノの姉は「彼らは敵」と断言するのだった。それらの言葉が、大切なシュムエルとあまりにもかけ離れていることに戸惑いを隠せないブルーノ。だが、それ以上真実を追究するには彼は幼すぎ、もやもやした疑問を抱えたまま、ブルーノはシュムエルとの友情を深めていく。その友情がやがて自分の運命を大きく変えてしまうとは知らずに……。