1990年代、世界制服を企む悪の組織“コブラ”が各地で活動を活発化。そして、悪の武器商人デストロ（クリストファー・エクルストン）の手により、脅威の兵器“ナノマイト”がコブラの手に渡ってしまう。あらゆるものを破壊するこの最強兵器を使い、ついにパリのエッフェル塔をも破壊。コブラの脅威が世界各地を襲う中、アメリカ政府が送り込んだ最後の切り札は、世界中から集められた史上最強の国際機密部隊“G.I.ジョー”。それは強靭な肉体、行動力を持ったエキスパート集団だった。メンバーは、デューク（チャニング・テイタム）、スカーレット（レイチェル・ニコルズ）、リップコード（マーロン・ウェイアンズ）、スネークアイズ（レイ・パーク）たち。特殊スーツを身につけ、数々のガジェットを駆使する極秘チーム、G.I.ジョーとコブラの、エジプト、パリ、東京と世界を舞台にした壮絶なバトルが始まる。