雲、岩、霧、砂、四つの国の里を守る忍が行方不明になる。その4人は、一族によって代々受け継がれる強力な忍術の特殊能力、“血継限界”の持ち主だった。彼らを失った四つの大国は、疑惑の矛先を、唯一被害を受けていない火の国に向ける。一触即発の事態。このままでは、疑心暗鬼に陥った大国が戦争を始めないとも限らない。そうなれば、第四次忍界大戦はまぬがれない。火の国の大名は、忍の里のひとつ、木の葉隠れ里の長である綱手（声：勝生真沙子）に、なんとしてでも真相を突き止めるよう、指示を与える。どんな犠牲を払ってでも里を守る、と決意を固める綱手。一方、一連の事件と時を同じくして、木ノ葉の里の天才忍者カカシ（井上和彦）が里を抜けたことが判明。カカシを先生と慕うナルト（竹内順子）と仲間たちは、それを知ってショックを受ける。だが、カカシは残して行った“鈴”に、里への思いを託していた。忍がせめぎあうこの世界は、五つの大国が攻撃に備えることで平和が保たれていた。今、その“かりそめの平和”が、音を立てて崩れようとしている。ナルトと仲間たちは、この危機を切り抜けることが出来るのか……？