ヴォルデモート卿（レイフ・ファインズ）はマグル、魔法使い両方の世界における支配力を強め、ホグワーツはもはやかつてのような安全な場所ではなくなっていた。ハリー・ポッター（ダニエル・ラドクリフ）は学校の中にも危険が潜んでいるのではないかと疑うが、最終決戦が迫っていることを知るダンブルドア校長（マイケル・ガンボン）はハリーに戦いの準備をさせることに力を注ぐ。そんな中、ダンブルドアは旧友であり、元同僚でもあるホラス・スラグホーン（ジム・ブロードベント）を学校に迎え入れる。有力なコネを持ち、疑うことを知らないこの美食家の教授は、ヴォルデモート卿に関する極めて重要な情報を握っていたのだ。一方、ホグワーツの生徒たちは全く種類の違う敵、学校中に蔓延する思春期の恋の病と闘っていた。ハリーはジニー（ボニー・ライト）に惹かれていき、ラベンダー・ブラウン（ジェシー・ケイヴ）はロン・ウィーズリー（ルパート・グリント）こそ自分が求める男の子だと決めつけている。そして、ハーマイオニー・グレンジャー（エマ・ワトソン）はジェラシーで爆発しそうになりながらも、断固として自らの感情を外に出さないでいた。しかし、学校中がロマンスで浮き立つ中、ある一人の生徒だけが超然としており、その彼は目標を達成することだけに集中していた。全てが終わったとき、ホグワーツは永久に変わってしまうかもしれないと考えながら……。