ドライバーのジャック(ドウェイン・ジョンソン)、コンパスのようなハイテク・マシンを手にしたセス(アレクサンダー・ルドウィグ)とサラ(アナソフィア・ロブ)という兄妹を乗せた1台のタクシーが、ネバダの荒野を横切るハイウェイを走っている。それを、数台の武装したSUV車が追走し始める。するとセスは姿を消してハイウェイの上に現れると、1台のSUV車をはねのける。セスは、何事もなかったかのように座席に戻る。ジャックは何も気づかず、SUV車の追跡を振り切る。SUV車を運転していたのは、ヘンリー・バーク(シアラン・ハインズ)を司令官とする政府特殊機関員たちだった。タクシーはコンパスに従い、荒涼とした山に建つ古い小屋にたどりつく。その小屋の地下には、緑が生い茂る異空間が広がっていた。サラが地面から生えている輝くボールから小さな装置を取り出すと、何かが迫る気配がする。大爆発が起こり、2人はタクシーに転がり込む。未知の暗殺者が操る光が飛び出し、衝撃波でタクシーを攻撃してくる。両者が鉄道のトンネル内で激しい攻防を繰り広げていると、正面から列車が迫ってくる。ジャックはハンドルを切り、トンネルを脱出する。列車は内壁に接触し、光に激突する。混乱するジャックに、サラは兄妹が特殊能力を持っていることを明かす。彼らには、小屋から持ち出した記憶装置を“ウィッチマウンテン”に持っていくという使命があった。ウィッチマウンテンとは、宇宙の秘密が潜み、国家最高機密として地図から消されている禁断のエリアである。セスとサラは、宇宙研究家フリードマン博士(カーラ・グギノ)やハーラン博士(ゲイリー・マーシャル)から情報を引き出し、ウィッチマウンテンを目指す。しかし既に、政府特殊機関は彼らの動きを探知し、監視していた。また未知の暗殺者も、彼らを殺すまで追跡し続けていた。