刑事デニー・コルト（ガブリエル・マクト）は殺されたあと謎の復活を遂げ、マスクで顔を隠した“スピリット”としてセントラル・シティを守っていた。ある夜、古い沈没船を巡って凶悪犯罪者オクトパス（サミュエル・L・ジャクソン）が何か企んでいると聞き、スピリットは現場であるウォーターフロントの河口へ向かう。スピリットとオクトパスが戦っている間に、オクトパスの腹心シルケン・フロス（スカーレット・ヨハンソン）は水底からあさった謎の品を持ってアジトへ向かう。スピリットは死んでもおかしくないほど傷つくが、外科医の恋人エレン・ドーラン（サラ・ポールソン）の手当てを受けると、元通りの体になる。スピリットは、現場にサンド・サレフ（エヴァ・メンデス）がいたことを思い出す。彼女は、今は殺人も厭わず世界で暗躍する宝石泥棒となっているが、かつてはスピリットの幼なじみの無邪気な少女だった。しかしある悲劇によって2人は別の道を歩き出し、サンドは2度とセントラル・シティに戻らないと誓った。スピリットは、なぜ彼女が戻ってきたのか思案を巡らせる。そんなとき、また別の殺人が起こる。スピリットはサンドを探すが、オクトパスとシルケン、そして手下のクローン集団（ルイス・ロンバルディ）も彼女を探していた。オクトパスはお互いがウォーターフロントで手に入れたものを交換し、セントラル・シティのすべてを支配しようとしていた。それを阻止できるのはスピリットだけだったが、オクトパスはスピリットが不死身である理由も、それを治す方法も知っていた。