ソドー島の山奥で偶然、忘れ去られた街を発見したトーマス。ソドー鉄道の局長、トップハム・ハット卿は、ソドー島の記念日までに街を復旧させることをトーマスたちに命じた。そして、手助けのために新しい機関車がソドー島にやってくる。銀色にピカピカ輝く真新しいボディのスタンリー。彼は一躍島の人気者になるが、やきもちをやいたトーマスはスタンリーにいたずらしようと企む。ところがいたずらは思うようにいかず、トーマスはみんなの信用を失ってしまう。遠い場所でひとりぼっちになってしまうトーマス。炭鉱の暗闇の中で走ったり、地下水路の激流を下ったり、岩の断崖を飛び越えたり……。トーマスのかつてない大冒険が始まった。