梅雨明けの頃。東京を中心に神奈川、静岡、長野で6件の殺人事件が発生。いずれも、被害者のそばに麻雀牌が残されていたことから、警察は同一犯人もしくは組織による広域連続殺人事件に指定。各県警合同で開催された捜査会議には目暮警部（茶風林）のほか探偵の小五郎（神谷明）も出席する。会議では麻雀牌の他、犠牲者の残したダイイングメッセージなど、いくつかの謎が提示される。会議終了後、コナン（高山みなみ）は部屋から出てきた1人の刑事が黒のポルシェに乗り込む場面を目撃。コナンはその車に見覚えがあった。それは、コナンにとって因縁浅からぬ相手、ジンの車だった。高校生探偵だった工藤新一（山口勝平）を罠に陥れ、毒薬を投与したのは黒ずくめの組織の一員、ジン。毒薬の副作用で少年の姿に変わってしまった新一は、コナンとして活躍するようになったのだ。事件の裏に黒ずくめの組織の存在を感じるコナン。やがて、7月7日、七夕の日に7人目の犠牲者が。そしてコナンの周囲にも組織の手が伸びつつあった。工藤新一が生きていることを知れば、組織は新一だけでなく仲間たちも始末しようとするに違いない。だが、まだそのことは組織には気付かれていない。組織を一網打尽にできるチャンスと見て取ったコナンは、危険を承知で独り、捜査に乗り出す……。