新町長の四膳守が就任して以来、カスカベではエコロジー活動が活発になっていた。ゴミの分別、リサイクル、節電、節水、マイお箸……。ある日、地域のゴミ拾いをしていたしんのすけ（矢島晶子）は、川原で謎のドリンクを拾う。家に持って帰ったところ、母みさえ（ならはしみき）と父ひろし（藤原啓治）が飲んでしまう。だが、それは四膳が秘密裏に進める究極のエコ活動“人類動物化計画”のために開発した“人類動物化ドリンク”だった。ドリンクを飲んだみさえとひろしは、それぞれヒョウとニワトリになってしまう。その恐るべき効果に困惑する野原一家。そこへ謎の組織が襲い掛かってくる。風間くん、マサオくんたちも加わり必死に応戦するが、力及ばず全員囚われの身に。しんのすけたちは何とか脱出に成功するものの、動物化したひろしとみさえは連れ去られてしまう。そんなとき、しんのすけが出会ったのは、四膳の計画を阻止しようとする謎のセクシー美女ビクトリア。彼女の話によると、四膳は過激派エコ組織“SKBE”（Save Keeping Beautiful Earth）＝スケッベのリーダーで、ひろしとみさえが飲んでしまった最後の“人類動物化ドリンク”のエキスを2人の体から吸い出そうとしているらしい。そして、一度動物化してしまったら、人間だったこと、親子だったことすら完全に忘れ去ってしまうのだという。両親を救うためにシロ、そして半動物化したカスカベ防衛隊の仲間とともにSKBE本部へ向かうしんのすけ。しんのすけたちはSKBEの野望を打ち砕くことができるのか。動物化したみさえは、再びしんのすけと母子の絆を取り戻すことができるのか……？