2000隻もの軍艦を率いる曹操（チャン・フォンイー）のもと、孫権（チャン・チェン）の妹である尚香（ウィッキー・チャオ）は男装して侵入していた。曹操軍に疫病が蔓延していることを知った彼女は、その事実を伝書鳩に託して孔明（金城武）に伝える。残虐非道な曹操は、疫病で亡くなった兵士たちの死体を船に積み、連合軍のいる彼岸へと流していった。その一方、軍の士気を高めるために蹴鞠の大会も催して、そこで活躍する兵士を昇進させる。曹操の非道さに憤る周瑜（トニー・レオン）たち連合軍は憤るが、傷ついた兵士と疫病を目の当たりにした劉備（ヨウ・ホン）は撤退を決意する。それでも、孔明は周瑜とともに戦地に残った。劉備たちが4万本もの矢を持っていると知った孔明は、三日で10万本の矢を調達すると周瑜に宣言する。藁で覆った20隻の船で敵陣に侵入した孔明は、濃霧で視界不良の中、曹操軍から弓矢での一斉攻撃を受けるが、放たれた10万本もの矢をまんまと手に入れた。失態を犯してしまった曹操軍の蔡瑁と張允は、曹操によって処刑される。曹操軍の陣営の配置図を完成させた尚香が帰還した。2000隻もの戦艦に連合軍は声を失うが、周瑜はそこから勝機を見出す。その作戦を実行するためには風向きが重要だった。気象学や地理学を駆使して、周瑜は連合軍に有利な「東南の風」が吹く日を割り出した。その頃、自身が戦乱の発端とを知った周瑜の妻である小喬（リン・チーリン）は、自ら曹操のもとへと向かった。曹操と連合軍の赤壁での戦いが始まった。火弓を使って、圧倒的な戦力の曹操を連合軍は焼きつくそうとする。火を煽る東南の風にも助けられ、連合軍は勝利を収める。その戦いに、小喬は涙を流した。戦いには勝ちながらも、周瑜の胸には虚しさだけが残る。その思いは、孔明も同じだった。最大の友であった二人にも、別れを告げる時がきた。