ジョン・F・ケネディ暗殺事件、ベトナム戦争、キューバ危機など、かつて世界で起きた数々の事件の陰で“ウォッチメン”と呼ばれる監視者たちがいた。彼らは人々を見守り続けてきたはずであったが、1977年、政府によりその活動を禁止され、ある者は姿を消し、ある者は密かに活動を続けていた…。1985年。ニクソン大統領が任期を引き延ばし、いまだに政権を握っている時代。アメリカとソ連は一触即発の緊張関係が続き、漠然とした不安感が社会を包んでいた。ニューヨーク。10月のある夜、高層マンションの一室から、一人の男が落とされ殺された。死体のそばには、血の付いたスマイルバッジがあった。男の名はエドワード・ブレイク（ジェフリー・ディーン・モーガン）。かつて“ウォッチメン”と呼ばれていた男の一人であり、スマイルバッジは彼が胸に着けていたトレードマークだった。しばらくして事件現場に、薄汚いトレンチコートにフェドーラ帽を被ったロールシャッハ（ジャッキー・アール・ヘイリー）と呼ばれる男が現れる。彼は白黒模様の顔を常に変化させながら、血のスマイルバッジを手に取り見つめていた…。事件を不審に思った“顔のない男”は独自に捜査を開始、ダン・ドライバーグ（パトリック・ウィルソン）、エイドリアン・ヴェイド（マシュー・グード）といった、かつて“ウォッチメン”と呼ばれた者たちの周辺を嗅ぎまわる。しかし、事件の捜査を進めれば進めるほど“ウォッチメン”たちが無残にも消されていく。やがて、世界を揺るがした歴史的事件に関わってきた彼らの真実が明らかになるにつれて、想像を絶する巨大な陰謀が動き出すのであった……。