1969年。アメリカ合衆国フロリダ州ケープカナベラル。宇宙センターの発射台には、月へ旅立つ巨大ロケット、アポロ11号が出発のときを待っている。その発射台が見える廃品置き場でも、ハエの子ども、ナット（声：掘北真希）が小さなロケットを組み立てている。ナットのおじいちゃん、エイモス・マクフライは、若い頃、大西洋横断に挑戦する飛行機にもぐり込んで、墜落の危機からパイロットを救ったことがあった。そんな歴史的大冒険の話を聞かされてきたナットは、いつもおじいちゃんのような冒険をしてみたいと夢見ていたのだった。ある日、ナットは親友のIQとスクーターに、みんなで月へ行こうともちかける。もうすぐ打ち上げられるアポロ11号にひそかに忍び込み、月面着陸という人類初の快挙を一緒に体験しようというのだ。勇敢なリーダーのナット、頭が良くていろいろなことを知っているIQ、いつもお腹を空かせている食いしん坊のスクーター、3匹の大冒険が今、始まろうとしていた……。