ある日、ウィル(マット・ランター)は、伝説の秘宝“クリスタル・スカル”が世界の終末を予言するという奇妙な夢を見る。一方、現実世界の彼は、ガールフレンドとの交際にもう一歩踏み込めず、優柔不断な自分に悩んでいた。そんな中、気分転換にと赴いたニューヨークでのパーティ会場。若者たちがダンスなどをして楽しんでいると突然、大地震が彼らを襲う。ウィルは慌てて外に出るが、そこに降り注ぐ隕石の雨。さらには、竜巻、ブリザードまで街を襲ってきた。逃げ回る人々。何人ものヒーローが現れるが全く役に立たず、ニューヨークの街は大パニックと化した。ウィルは、悪夢が現実となったこの人類滅亡の危機を阻止するには、クリスタル・スカルを手に入れ祭壇に戻す以外に方法がないことを知る。ガールフレンドのエイミー(ヴァネッサ・ミニーロ)を救ったウィルと親友のカルヴィン(ゲイリー・G・サング・ジョンソン)は、秘宝があるというアメリカ自然史博物館へと向かうのだった……。