リトルリーグの強豪“横浜リトル”との激闘で“三船ドルフィンズ”は見事に勝利を収めた。しかし、エースで4番の茂野吾郎（声：くまいもとこ）は、プロ野球選手の父・英毅（咲野俊介）の移籍に伴い、チームメイトに別れも告げぬまま、突然九州の福岡へ転校してしまう。母・桃子（野田順子）は、横浜リトル戦で負傷した吾郎の右肩を心配するが、吾郎は新しい地で友達を作るため、再び野球を始めようとする。吾郎の想いを受け止めた英毅は、肩が治るまで投球しないことを条件に、県大会優勝を目指す名門“博多南リトル”への入団を許すのだった。天性の野球センスで吾郎は打者として入団。横浜での伝説的な活躍を知るメンバーにとって、吾郎の打力とアドバイスは力強く頼もしいものだったが、エース・古賀は吾郎を歓迎していなかった。それでもチーム一丸となり、博多南リトルは九州大会決勝まで勝ち進む。決勝の相手は、全国大会優勝候補といわれる“北九州リトル”。博多南リトルナインは、アーサーとマックスというアメリカンスクールに通う二人の選手に翻弄される……。一方、横浜では吾郎のライバル・佐藤寿也（大浦冬華）の言葉に一念発起した三船ドルフィンズが、優勝候補の横浜リトル打倒を目指して、神奈川県大会を勝ち抜いていた。そして遂に、吾郎に負け雪辱に燃える横浜リトルと、吾郎が去った三船ドルフィンズが対戦することになった。果たして、博多南リトルと三船ドルフィンズの試合の行方は？ 三船ドルフィンズの仲間たちはもう一度吾郎に会うことができるのか……？