ロサンゼルス郊外のセブン・パーム・リゾート地区で広範囲に及ぶ地面陥没が発生。まるで巨大ハリケーンか爆破テロ事件に襲われたような、原因不明の被害に見舞われた。現場を取材していたGNNのTVリポーター、イーサン（ジェイソン・ベア）は、FBI捜査官フランク（クリス・マルケイ）指揮のもとで調査していた鑑識班が、化石のような鱗状の物体を発見したのを目撃する。取材ビデオに録画したその鱗を見ているうちに、イーサンは忘れていた少年時代のある記憶を思い出す。15年前に父親と訪れた古美術店で、それと同じような物を見ていたのだ。さらに、店主のジャック（ロバート・フォスター）から、500年に一度この世に誕生する女性をめぐり、人類は破滅の危機に立たされるだろうという話を聞かされていた。イーサンはその話がまさに今、現実に起ころうとしていると悟り、相棒のカメラマン、ブルース（クレイグ・ロビンソン）の力を借りて運命の女性を捜し始める。世界を救う宿命を負ったその女性、サラ（アマンダ・ブルックス）をイーサンが見つけ出すと、突然、巨大なモンスターが襲いかかってきた。逃げる二人をどこまでも追いかけ、LAの街を破壊し続けるモンスター。米軍が最新兵器をもって立ち向かうが、さらなる侵略者が出現、未曾有の戦争へと化していく。それは、人類存亡をかけた壮絶なサバイバル・バトルとなった……。