かつてFBIの捜査官として未解決事件“X-ファイル”を担当していた医学博士スカリー（ジリアン・アンダーソン）。現在は病院勤務となった彼女のもとへ、FBIがやってくる。彼らの目的は、スカリーと共にX-ファイルを担当していたモルダー（ディビッド・ドゥカブニー）の居場所だった。少し前、FBIの女性捜査官が謎の失踪を遂げる事件が発生。その行方を捜していたFBIの前に、透視能力を持つというジョー神父（ビリー・コノリー）が協力を申し出てきた。“彼女のビジョンが見える”と主張するジョーは、凍った湖から切断された人間の腕を発見。それは失踪した捜査官のものではなかったが、FBIは彼の能力を測りかね、超常現象に詳しいモルダーの知識と経験を頼ってきたのだ。スカリー以外の誰にも居場所を明かさず隠遁生活を送るモルダーだったが、超常現象に対する情熱はまったく衰えていなかった。FBIとの過去の確執を水に流すとの条件で現場復帰を決意したモルダーは、捜査を指揮するホイットニー（アマンダ・ピート）と合流する。少年に性的虐待を加えて聖職を解かれた過去を持つジョーと対面したスカリーは、その超能力を“犯罪歴を帳消しにするための嘘”と決めつる。だが、ジョーに従って女性捜査官の拉致現場を訪れたモルダーは、彼が目から血を流す姿を目撃。その能力に対する信頼を深める。モルダーは、ジョーの透視能力で、幼い頃、宇宙人に誘拐された妹の手がかりを掴めるのではないかと期待していたのだ。その考えを見抜いたスカリーはモルダーと激しく対立。だが、彼女も脳の病気で余命幾ばくもない少年の治療法に迷い、疲れきっていた。感情のすれ違いから、二人の信頼関係に亀裂が生じていく。その後、凍った湖で発見された腕から動物用の鎮静剤が検出されたことをきっかけに、捜査は急展開を見せる…。