アメリカ中西部工業都市。事件は空港で発生した。バイオテロや薬害被害者救済を行うNGOに所属するクレア・レッドフィールド（声：アリソン・コート）は、空港利用客の中に一人のゾンビを発見する。だが、時すでに遅し。警備員がそのゾンビに噛まれたことを発端に、続々と一般客や空港職員が感染、空港内は大パニックとなる。時同じくして、空からは緊急着陸すべく空港に向かっていた旅客機が、ガラスを突き破りロビーへ突入。その機内から現れたのは、ゾンビ化した乗組員や乗客だった。その頃、合衆国政府はテロリストから、隠蔽している7年前のラクーンシティ消滅事件を大統領自ら全て公表するよう脅迫を受ける。テロリストたちはアンブレラ社が開発した危険なt-ウィルスを手中に収めていた。事態鎮圧のため、大統領直轄のエージェント、レオン・S・ケネディ（ポール・メルスィエ）が指令を受け、特別指揮官として空港へ向かう。レオンは、地元警察特殊部隊のアンジェラ・ミラー（ローラ・ベイリー）たちと合流。共にゾンビを撃退しながら残された利用客を救い出し、テロリストが企てるバイオテロ鎮圧を進めて行く。やがて、これまでに度重なる窮地を経験していたレオンとクレアは、黒幕の存在に気づき始める……。