核の炎が世界を焼き尽くし、力あるものが全てを支配する世紀末。ケンシロウ（声：阿部寛）は、一子相伝の究極の暗殺拳・北斗神拳の第64代伝承者であった。しかし、伝承者として生きるよりも、婚約者のユリア（石田ゆり子）と平穏に暮らすことを望んだケンシロウは、ユリアと共に旅に出ようとしていた。しかし、その前に立ちはだかったのは、南斗弧鷲拳の使い手シン（桐本琢也）だった。ユリアを愛するシンは、ケンシロウの胸に北斗七星を模した7つの傷を負わせ、ユリアを奪い取る。愛する人を奪われ、心にも身体にも傷を負ったケンシロウは、ひとり世紀末の荒野に倒れていた。そんなケンシロウを助けようと、小さな手が差しのべられる。それは、母親の影響でケガをしている人を放ってはおけない心優しい少女アモ（今野宏美）とその姉・ダン（朴[王路]美）であった…。1年後。暴力の巨大な波に翻弄され、ただ奇跡を待ち続けるしかない人々の前に、地上の愛のために生きる“死神”という名の救世主としてケンシロウが再び現れた……。