ヒューマンワールドを汚れた世界に変えようとする蛮機族ガイアークと戦うため、江角走輔（古原靖久）、香坂連（片岡信和）、楼山早輝（逢沢りな）、城範人（碓井将大）、石原軍平（海老澤健次）は、意志を持つビークル＝炎神とタッグを組み、ゴーオンジャーとして戦っていた。さらに須塔大翔（徳山秀典）、美羽（杉本有美）兄妹のゴーオンウイングスが加わった。ガイアーク三大臣たちは、ヒューマンワールドと別次元を混ざり合わせるため、これまでに倒された蛮機獣を復活させ襲ってきた。ゴーオンジャーとゴーオンウイングスはエンジンオーG9で迎撃するが、次元の裂け目から突然現れた＜炎衆＞を名乗る3人組、烈鷹、獅子之進、月之輪によって、炎神キャストのスピードル、バスオン、ベアールVが盗まれてしまう。ゴーオンジャーは彼らを追って、次元の裂け目を通り＜サムライワールド＞へと飛び込んでいく。そこは魔姫（ソニン）という謎の女に支配されていた。魔姫の手下・獄丸と雷剱が現れ、炎神キャストのバルカとガンパードも奪われる。しかし炎衆たちは、ゴーオンジャーの中に正義の魂を感じ始める。走輔と炎衆の心がひとつになったとき、炎神合体によって＜炎神大将軍＞が現れる。