1986年、人間に化け、人間の生命エネルギーであるライフエナジーを吸って生きるモンスター、ファンガイアが現れた。バイオリン製作者にして天才バイオリニストの紅音也（武田航平）は、ファンガイアと戦うファンガイアハンターの麻生ゆりと出会い、仮面ライダーイクサとなる。それから22年後の2008年、音也の息子・渡（瀬戸康史）は、父の遺したバイオリン「ブラッディ・ローズ」を超える名器を作るためにバイオリン職人として修業をしていた。ある日、ゆりの娘でファンガイアハンターの恵と出会い、仮面ライダーキバに変貌。渡は自分がなぜ変身し、戦わなければならないのかを知らないまま、ファンガイアと戦いを繰り広げていた。ある日、かつてキバによって封印されていた、人類滅亡を告げる＜レジェンドルガ＞が復活した。さらに人々を襲う杉村隆（堀内健）が、巨大な王＜仮面ライダーアーク＞として覚醒する。一方、渡は高校生活を送ることになった。そして音也と渡をはじめとする様々な親子の絆が、22年の時を越え結ばれる。キバはファンガイアを凌駕する強敵・レジェンドルガとの激しいバトルを始め、さらに新フォームとなって、アークとの空中大戦を繰り広げる。