古代中国。魔力を持つ皇帝（ジェット・リー）は不死の力を求めて、呪術師の娘ツイ・ユアン（ミシェル・ヨー）とミン・グオ将軍を旅立たせる。ユアンは不死の魔術を発見し都に戻るが、彼女と恋仲になったミンは皇帝により処刑される。ユアンは皇帝と臣下を呪いで陶器に変え、姿を消す。約2千年後の1946年、ロンドン。リック・オコーネル（ブレンダン・フレイザー）と妻エヴリン（マリア・ベロ）の元に、持ち主を不死の泉に導くと言うブルー・ダイヤ＜シャングリラの眼＞を上海の博物館に返還する任務が下る。そのころ息子アレックス（ルーク・フォード）は親に内緒で大学を中退し、中国で皇帝陵を発掘する偉業を達成していた。上海でエヴリンの兄ジョナサンが経営するナイトクラブに行ったリックたちは、アレックスと鉢合わせる。翌日、博物館の館長ウィルソンは、中国を最強国にしようと目論むヤン将軍（アンソニー・ウォン）と共謀し、＜シャングリラの眼＞を使って皇帝を復活させようとしていた。リックたちは阻止を試みるが、ヤンは復活した皇帝を連れ逃走する。アレックスは中国人女性リン（イザベラ・リョン）と出会う。皇帝陵を見張ってきた家族の末裔である彼女は、＜シャングリラの眼＞を手に入れた皇帝がシャングリラにある不死の泉の霊水を飲めば、軍隊を呼び覚ます力を得ると話す。オコーネル一家は、シャングリラの入口があるヒマラヤに向かう。一家は入口で皇帝たちを待ち伏せするが、皇帝の投げた剣でリックが重傷を負う。シャングリラに着いたリックたちは、不死の泉の力で生き延びたユアンと出会う。リンはユアンの娘だった。泉の力でリックは生き延びるが、皇帝も完全に蘇る。皇帝は3つの頭を持つ龍に変身し、軍隊を復活させるため皇帝陵に飛んでいく。ユアンは、皇帝により万里の長城の地下に封印された兵士たちを甦らせ、戦わせる。反皇帝軍と皇帝軍が戦いを繰り広げる一方、ユアンから魔法の龍剣を引き継いだリックとアレックスは、皇帝の息の根を止めようとするが……。