地球連邦軍対バグズの戦争も開戦から11年。連邦政府の放送は第二次バグズ大戦の始まりを告げ、人々に軍への入隊を呼びかけている。バグズの侵攻に脅かされる連邦軍防御の要、植民惑星ロク・サンの防衛基地では、11年前に惑星Pでの戦いで名を馳せた英雄ジョニー・リコ大佐（キャスパー・ヴァン・ディーン）が指揮を執っていた。そこに、連邦軍総司令官で人気歌手でもあるオマー・アノーキ（スティーヴン・ホーガン）が、ディックス・ハウザー将軍（ボリス・コドジョー）と、宇宙艦隊旗艦ジェロニモの艦長でハウザーの恋人ローラ・ベック（ジョリーン・ブラロック）を伴い視察に訪れる。リコが旧知の仲の彼らと再会を喜んでいたのも束の間、バグズの群れが防御壁を突破、基地の塹壕に侵入する。バグズの容赦ない攻撃によって一帯はたちまち殺戮の舞台と化し、リコ率いる連邦軍も必死に応戦。ハウザーはアノーキとベックを先にジェロニモに帰艦させるが、戦艦も攻撃を受けて撃沈する。アノーキたちは救命ポッドで脱出、アラクニド隔離地帯の惑星OM-1に不時着した。ロク・サンは壊滅状態となり、基地を守りきれず反逆罪に問われたリコに絞首刑判決が下されるが、ロク・サンから生還したハウザーによって、リコはアノーキ救出の任務を任される。しかし、連邦軍のエノロ・フィド提督（アマンダ・ドノホー）は、アノーキが行方不明であることを大衆に隠し、偽装映像によって彼の声明を発表していた。そんな軍内部の不穏な動きに気付いたハウザーは身柄を拘束されてしまう。その頃、アノーキやベックら遭難者6名は、砂漠の中でバグズに襲撃されていた…。