忍者たちが暮らす隠れ里。各地にちらばる隠れ里のひとつ、木の葉隠れの里。ここに暮らす落ちこぼれ忍者、うずまきナルト（竹内順子）。タフさが売りだがせっかちな彼の夢は、里で一番の忍者“火影”になること。彼はその身体に妖狐“九尾の狐”が封印されているため、秘めたる力を持っていた。ナルトは、忍者を養成する木の葉隠れの里アカデミーでチームメイトのサスケ（杉山紀彰）やサクラ（仲村千絵）、カカシ（井上和彦）たちと一緒に忍術を学んでいた。だがサスケは、一族を滅ぼした裏切り者である兄イタチへの復讐を誓い、より強大な力を得るために仲間のもとを去っていった。あるとき、木の葉隠れの里は謎の忍者集団の襲撃を受ける。里の忍者たちは必死に応戦するものの甚大な被害を受けてしまう。人々の脳裏にかつて隠れ里同士が対立し争いあった忍界大戦の悪夢が蘇る。里の危機を知り、立ち上がるナルトたち一行。だが、彼らの前に、姿を消していたサスケが現れる。ナルトたちは必死に戻るようサスケを説得するが、彼の意思は変わらない。謎の忍者集団の目的も、再会したサスケが味方なのか敵なのかはっきりしないまま、やがてナルトとサスケの対決の時が近づく。