朝のニューヨーク、セントラルパーク。大勢の来園者たちの中で、突然1人の若い女性が自らの命を絶つ。同時にある工事現場でも、作業員たちが次々とビルの屋上から身を投げ出す。セントラルパークでテロリストによる攻撃かもしれない事件が発生し、犠牲者は死の直前に“言葉の混乱”や“方向感覚の喪失”という兆候があったという情報は、フィラデルフィアのある高校にも伝わってきた。生徒たちは帰宅させられ、科学教師エリオット（マーク・ウォルバーグ）は、同僚教師ジュリアン（ジョン・レグイザモ）の誘いを受け、電車で安全な場所に避難することにする。エリオットは自宅に戻り、最近気持ちがすれ違い気味の妻アルマ（ズーイー・デシャネル）と駅へ向かう。ジュリアンは内向的な8歳の娘ジェスを連れてくる。政府当局にも原因が突き止められない異常現象は、ニューヨーク、フィラデルフィア、ボストンとアメリカ東部全域に広がっていた。エリオットたちが乗った電車は突然停止し、乗客はペンシルバニアの小さな町で下車する。車掌は停止の理由を「誰とも連絡がつかなくなった」と告げる。エリオットたちはレストランに入る。そこで、自らの意思でライオンに肉体を食いちぎられる男の映像を見る。ニュースを見ていた人々も、この町が＜見えない脅威＞に包囲されつつあることを知り、外へ飛び出していく。ジュリアンは、すでに異常現象に侵されたプリンストンという町にいる妻を救いに行くため、ジェスをエリオットたちに託して立ち去る。エリオットたちは安全な場所を求めて車で移動するが、行き場を失い草原をさ迷い歩く。そこにも＜見えない脅威＞が襲いかかってくる。しかしエリオットはある法則に気づき、アルマとジェスを守りながら、サバイバルを繰り広げるが……。