森の奥にひっそりと佇む朽ち果てた邸宅。そこへ、一組の家族が引っ越してくる。双子の兄弟ジャレッドとサイモン（フレディ・ハイモアの二役）、姉のマロリー（サラ・ボルジャー）そして母親のヘレン（メアリー・ルイーズ・パーカー）。ある日、ジャレッドたちは偶然、屋根裏部屋を発見する。そこには、80年以上前に屋敷に住んでいた大叔父アーサー・スパイダーウィック（デヴィッド・ストラザーン）が記した“謎の書”が保管されていた。その書には“決して読んではいけない”という警告とともに様々な妖精たちの秘密が書き留められていた。だが、ジャレッドは警告を無視して書物を開いてしまう。すると、ジャレッドの前に妖精が現れ、彼のせいで邪悪なゴブリンが目覚めてしまったと告げる。そして、サイモンはゴブリンに襲われ、森へ連れ去られてしまう。ジャレッドはなんとかサイモンを助け出すが、マロリーと三人でいるところを再びゴブリンに襲われる。妖精たちに襲われる理由を知ろうと、三人はアーサーの娘であるルシンダ叔母さん（ジョーン・プロウライト）を訪ねる。叔母さんは、秘密の書は妖精たちを危険に陥れるもので、それを狙うゴブリンから身を守るために、アーサーは妖精によって連れ去られてしまったと語る。そして、秘密の書を読んでしまった三人が助かる方法は、スパイダーウィックに会い、書を処分してもらうことだという。早速家に戻ったジャレッドたちは空飛ぶグリフィンを呼び出し、数十年もの間、妖精の世界に連れ込まれていたスパイダーウィックに出会うことに成功する。しかしそのとき、秘密の書がすりかえられていた事に気付いた三人は、引き返してゴブリンたちに立ち向かうことにするが……。