江戸川コナン（声：高山みなみ）は、謎の組織が彼を殺すために飲ませた薬の副作用によって体を小さくされた高校生探偵・工藤新一の仮の姿。謎の組織を追うため、正体を隠し、仮の名前を名乗っている。今は、探偵をしている毛利小五郎（神谷明）と、新一の幼馴染み・毛利蘭（山崎和佳奈）親子の家に居候しながら、探偵として様々な事件を解決し続けている。ある日、音楽家ばかりを狙った連続殺人事件が発生する。殺されたのは、有名な元ピアニストが率いる音楽アカデミーの出身者ばかりだった。コナンたち一行は、その元ピアニストがつくった音楽ホールのこけら落としコンサートに招待される。コンサートの目玉は、バッハが弾いたといわれるパイプオルガン、世界的に有名なバイオリン「ストラディヴァリウス」の音色、そして、絶対音感を持つ天才的歌手の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、不審な事件が頻発し、コンサートの主役を務める女性歌手の命が狙われる。コナンのお陰で彼女は一命を取り止めるが、今度はコナンたちが狙われ始める。本番当日、コナンは何者かに襲われ意識を失う。そのことに気づかず蘭たちは会場に入っていき、コンサートが始まる。しかし音楽ホールの一部で爆発が起こる。防音設備のため、中の観客は事態に気づかない。蘭はコンサートで演奏されている曲を聴いて、中学時代、新一と共に聴いた記憶が甦る。意識を取り戻したコナンは危険を感じ、蘭の元に走るのであった……。