後頭部に彫られたバーコードから“エージェント47”（ティモシー・オリファント）と呼ばれるスキンヘッドの男。闇の組織に育てられた彼は、世界を股に駆ける超一流の殺し屋だった。殺人犯として彼を追うインターポール捜査官ホイッティア（ダグレイ・スコット）は、神出鬼没で証拠を残さない“47”に翻弄され続けていた。新たな標的としてロシアの政治家ベリコフ（ウルリク・トムセン）を狙撃した“47”だったが、その現場を娼婦のニカ（オルガ・キュリレンコ）に目撃される。さらに、暗殺したはずのベリコフも生存していることが判明。任務の失敗に疑問を抱く“47”だったが、組織は彼にニカの暗殺を命じる。ホイッティアの追跡を逃れニカの前に現れた“47”。だが彼はニカの孤独な瞳に何かを感じて殺害を中止、彼女から情報を得ようとする。しかし、再びホイッティアの尾行を振り切った“47”の前に、彼と同じ組織に所属するスキンヘッドの殺し屋たちが立ち塞がる。味方に襲われる理由もわからず、死闘を繰り広げる“47”。やがて、彼とともに過ごすうちに心を通い合わせたニカは、自分の過去を語り出す。ベリコフに奴隷のように扱われ、死すら望んでいたという彼女に“47”は次第に惹かれ、彼女を守ることが最大の目的となっていく。やがて、モスクワに飛んだ彼は、知り合いのCIAエージェントからベリコフに関して驚愕の真実を知らされる。さらにイスタンブールでベリコフの弟と接触し、ある決意を胸に再びロシアへ。そんな彼の行く手を阻むベリコフの罠、そしてある人物の陰謀。ホイッティアも待ち受ける中、“47”はニカと別れ、たった一人敵地へ乗り込んでいくのだった……。