12世紀末、イタリア半島中部に位置する自治領アッシジ。裕福な織物商の息子フランチェスコ（ミッキー・ローク）は、十字軍の遠征に参加することを決意し、勇ましく旅立った。しかし、なぜかほどなく意を翻し、遠征隊から離脱してしまう。途上、施しを求める病人に対し、冷たく接した自らの態度。そこに苛立ちを感じた彼は、踵を返してアッシジへと帰還したのだった。啓示の一端には、かつて目にした福音書の存在も大きく影響していた。以来、有り金全部を恵まれない者に与え、生活まで彼らと共にし始めたフランチェスコ。放蕩息子から一転して敬虔な信者へ。荒廃した教会の修復を行いながら、福音書にしたがって虐げられた人々に温かな手を差し伸べるフランチェスコに、当初は冷たく接していたスラムの住人たちも次第に心を開いていく。そしてフランチェスコに賛同し集まってくる若者たち。神の教えを説く共同体が出来上がるまでに、そう長くはかからなかった。フランチェスコを密かに慕っていたキアラ（ヘレナ・ボナム・カーター）も集団に加わることになる。それがきっかけとなり怒ったキアラの親族がフランチェスコたちの居住エリアを急襲し、混乱が巻き起こった。フランチェスコたちはバチカンに行き、法王に自分たちが福音書の教えを守るものであり、決して異端では無いという事を明言した。こうして法王から祝福と共に教義の承認を得て彼らの正当性が証明された。共同体は一気に拡大し、教えを請うために他の国からやってくる者も増えていった。しかし、集団が膨れ上がると共に、共同体内部では意見の対立が生じ始めるのだった……。