超能力を持つ者は光と闇に分かれ、「光の異種」「闇の異種」と呼ばれる。数世紀の戦争の後、光の王ゲッサー（ウラジーミル・メニショフ）と闇の王ザヴロン（ヴィクトル・ヴェルズビツキー）は休戦協定を結び、ナイト・ウォッチは闇の者を、デイ・ウォッチは光の者を互いに監視することになった。しかし12年前、光の異種アントン・ゴロデツキー（コンスタンチン・ハベンスキー）は闇の魔女を使い妻に呪いをかけ、胎内の息子を殺しかけた。そのため息子イゴール（ディマ・マルティノフ）は闇側についた。中世、ウズベキスタン東部サマルカンドにある難攻不落の砦。ティムールの軍勢が侵入し、運命を変える「運命のチョーク」を奪う。現代のモスクワ。アントンは研修生スヴェトラーナ（マリア・ポロシナ）とパトロール中、人間襲撃の報を受ける。犯人の闇の異種を見つけるが、アントンは深追いを禁じる。犯人はイゴールで、帽子を残していった。イゴールの教育係ガリーナはアントンに、異種たちを取り締まる審問官がイゴールを逮捕する危険があると伝える。アントンは光側の資料庫に保管された帽子を盗み、運命のチョークの情報も仕入れる。しかしその間にガリーナが殺される。彼女が最後に会ったのはアントンだった。ゲッサーはアントンと魔女オリガを肉体交換させ、スヴェトラーナの家に身を隠させる。相手をオリガだと思ったスヴェトラーナはアントンへの恋心を告白するが、それを聞いた彼は正体を明かす。闇側からガリーナ殺しで処刑申請が審問官に出され、アントンは指名手配に。彼はチョークを手に入れるためサマルカンドに飛ぼうとするが、オリガにその在処を教えられ、手に入れる。アントンがチョークでイゴールの名前を書くと、彼が現れる。しかし父子の関係は修復できなかった。イゴールはチョークを盗んでいく。アントンは、闇の者たちが集うイゴールの誕生パーティーに1人で乗り込み、やがて、スヴェトラーナもやってくる。しかし、イゴールとスヴェトラーナは、衝突すれば世界が崩壊するという“偉大な異種”だった。ふたりの衝突で、モスクワの街は大破壊に見舞われる。その先にあるのは、世界の崩壊。それを食いとめることができるのは、「運命のチョーク」しかないのだが……。