1585年。イングランド国王の娘として生まれたエリザベス（ケイト・ブランシェット）は女王の座を手にしたものの、宮中では依然陰謀が渦巻き、外からは世界列強が虎視眈々と侵攻を狙っていた。さらにスコットランドからは宿敵のメアリー女王（サマンサ・モートン）が逃亡してきて王位継承権を主張するなど、側近のフランシス（ジェフリー・ラッシュ）に守られながらも、心休まらない日々を送っていた。そんな彼女の前に、新世界から帰還したばかりの航海士ウォルター・ローリー（クライヴ・オーウェン）が現われる。次の探検の費用をエリザベスから引き出そうと考えた彼は、宮廷に入り込んで、新世界の可能性を熱心に語る。それは国外へ出たことのないエリザベスにとって未知の世界だった。やがてエリザベスは、知性と野性を兼ね備えたローリーに惹かれていく。一方のローリーも、最初は資金目的の宮廷詣でだったが、だんだんエリザベスに特別な感情を抱くようになる。しかし未婚のまま国家と添い遂げることを誓ったエリザベスにとって、これは禁じられた愛だった。そこでエリザベスは、侍女のベス（アビー・コーニッシュ）を自分の代わりにローリーに近づけ、彼を宮廷に通わせる口実にする。だがそのせいでローリーとベスは恋仲となり、やがて妊娠、結婚まで秘かに行っていた。それを知り、孤独感に打ちのめされ理性を失ったエリザベスは、ベスを遠ざけ、ローリーを投獄してしまう。そんな折、エリザベス暗殺を指示したかどによりメアリー女王が処刑されたことがきっかけで、スペインの無敵艦隊がイングランドに攻めてきた。最初はイングランドの劣勢だったが、エリザベスは自ら兵士として戦場に赴き、イングランド軍を勝利に導くのだった。