バリー（ジェリー・サインフェルド）は人間の言葉が話せる新米の働きバチ。大学を卒業したばかりのバリーは、ハチの世界では一度選んだ仕事は死ぬまで変えられないと知って落ち込んでいた。そんな折、バリーは「もっと別の世界が見てみたい」と巣を飛び出し、ニューヨークの街へ冒険に出かける。危うく人間に潰されそうになったところを、花屋のヴァネッサ（レニー・ゼルウィガー）に助けられる。バリーは人間と話してはならないという掟を破ってヴァネッサに話しかけ、ふたりは友達になる。ところがあるとき、バリーはスーパーマーケットで棚に並んだ大量のハチミツのボトルを見て驚愕する。自分たちのハチミツを取り戻すべく、ヴァネッサの助けも借りながら、バリーは人間を相手取って裁判を起こす。結果はミツバチ側の全面勝訴。全てのハチミツが、ミツバチの元へ戻った。すると今度はミツバチの巣にハチミツが溢れてしまい、働く必要のない彼らは休業し悠々と暮らし始める。やがて気づいてみると、公園や庭から花が失われ、世界中の花が枯れていってしまっていた。花が咲き続け、野菜や果物ができるためには、ミツバチたちが働いて受粉を行うことが不可欠であったからである。バリーは自分のしたことが結果的に世界中の自然にどれほどの影響を与えてしまったかを思い知る。ヴァネッサもこの事態には途方に暮れるしかなかった。そこでバリーは自分のするべきことに改めて気づき、ヴァネッサと協力し、世界に花を取り戻すべく動き出す。バリーとヴァネッサは望みを賭け、パサデナのフラワー・フェスティバルに世界最後の花を求めて旅立つ。見事、受粉は成功し世界は再び活気を取り戻すのだった。